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##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##Tassel=<ID=GenotypeTable,Version=5,Description="Reference allele is not known. The major allele was used as reference allele">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the reference and alternate alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Float,Description="Normalized Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##INFO=<ID=QualityScore,Number=1,Type=Float,Description="Quality Score">
##contig=<ID=1A,length=594102056>
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##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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##bcftools_viewCommand=view --samples-file /fs/ess/PAS2444/24NORGRAINS_BIG6/HasEmmer_UpdateLines/WD/raw_VCF/filt/HasEmmer_24NorGrain_23n24Big6_ProdOnly_New2024db_production.vcf.gz/temp_files/samp_file.txt --min-alleles 2 --max-alleles 2 --types snps --regions-file /fs/ess/PAS2444/24NORGRAINS_BIG6/HasEmmer_UpdateLines/WD/raw_VCF/filt/HasEmmer_24NorGrain_23n24Big6_ProdOnly_New2024db_production.vcf.gz/temp_files/05_all_regions_filt.bed --output-type u /fs/ess/PAS2444/24NORGRAINS_BIG6/HasEmmer_UpdateLines/WD/raw_VCF/filt/HasEmmer_24NorGrain_23n24Big6_ProdOnly_New2024db_production.vcf.gz/04_extracted_dedup_nounchr.vcf.gz; Date=Sat Apr 20 12:46:20 2024
##INFO=<ID=F_MISSING,Number=.,Type=Float,Description="Added by +fill-tags expression F_MISSING=F_MISSING">
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
##INFO=<ID=AC_Het,Number=A,Type=Integer,Description="Allele counts in heterozygous genotypes">
##INFO=<ID=MAF,Number=1,Type=Float,Description="Frequency of the second most common allele">
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##bcftools_pluginCommand=plugin fill-tags --output-type u -- - -t MAF,F_MISSING,AC_Het,NS; Date=Sat Apr 20 12:46:20 2024
##INFO=<ID=DPsum,Number=1,Type=Integer,Description="Added by +fill-tags expression DPsum:1=int(sum(FORMAT/DP))">
##bcftools_pluginCommand=plugin fill-tags --output-type u -- - -t DPsum:1=int(sum(FORMAT/DP)); Date=Sat Apr 20 12:46:20 2024
##bcftools_viewCommand=view --exclude 'INFO/F_MISSING > 0.2 || INFO/MAF < 0.05 || (INFO/DPsum)/(INFO/NS) < 0 || (INFO/DPsum)/(INFO/NS) > 10000 || (INFO/AC_Het)/(INFO/NS) > 0.25' --output-type u -; Date=Sat Apr 20 12:46:20 2024
##FILTER=<ID=SnpGap,Description="SNP within 3 bp of indel">
##FILTER=<ID=IndelGap,Description="Indel within 3 bp of an indel">
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##bcftools_filterCommand=filter --SnpGap 3 --IndelGap 3 --output-type z --output /fs/ess/PAS2444/24NORGRAINS_BIG6/HasEmmer_UpdateLines/WD/raw_VCF/filt/HasEmmer_24NorGrain_23n24Big6_ProdOnly_New2024db_production.vcf.gz/05_all_regions_filt.vcf.gz -; Date=Sat Apr 20 12:46:21 2024
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1A	3793316	S1A_3793316	T	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=27840;AC=3872;AN=7416;F_MISSING=0.183799;NS=3708;MAF=0.477886;AC_Het=222;DPsum=27840	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:20,0:20:99:0,60,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,5:9:99:153,0,117	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/1:10,3:13:99:69,0,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,12:12:99:255,36,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,1:1:66:36,3,0
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1A	5326568	S1A_5326568	C	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=40052;AC=592;AN=8242;F_MISSING=0.0928902;NS=4121;MAF=0.0718272;AC_Het=72;DPsum=40052	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:20,0:20:99:0,60,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252
1A	5326578	S1A_5326578	C	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=40052;AC=780;AN=8242;F_MISSING=0.0928902;NS=4121;MAF=0.0946372;AC_Het=118;DPsum=40052	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:5,3:8:99:84,0,156	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:20,0:20:99:0,60,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,9:9:99:255,27,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:2,22:24:51:255,0,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:1,15:16:94:255,12,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:1,5:6:98:162,0,18	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,17:17:99:255,51,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:1,13:14:80:255,6,0	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252
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1A	8516115	S1A_8516115	C	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=29629;AC=2654;AN=7646;F_MISSING=0.158486;NS=3823;MAF=0.34711;AC_Het=204;DPsum=29629	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,30:30:99:255,90,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,23:23:99:255,69,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,15:15:99:255,45,0	1/1:0,26:26:99:255,78,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,15:15:99:255,45,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,29:29:99:255,87,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/1:15,6:21:99:153,0,255	1/1:0,22:22:99:255,66,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/1:4,4:8:99:120,0,120	1/1:0,12:12:99:255,36,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:11,5:16:99:132,0,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,15:15:99:255,45,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,18:18:99:255,54,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,23:23:99:255,69,0	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,18:18:99:255,54,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,18:18:99:255,54,0	1/1:0,25:25:99:255,75,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,11:11:99:255,33,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:1,8:9:88:255,0,9	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/0:3,7:10:99:222,0,78	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	1/1:0,12:12:99:255,36,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,17:17:99:255,51,0
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1A	15516839	S1A_15516839	C	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=14382;AC=1133;AN=7270;F_MISSING=0.199868;NS=3635;MAF=0.155846;AC_Het=157;DPsum=14382	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:8,2:10:99:42,0,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/0:3,4:7:99:123,0,87
1A	15516842	S1A_15516842	C	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=14382;AC=1133;AN=7270;F_MISSING=0.199868;NS=3635;MAF=0.155846;AC_Het=157;DPsum=14382	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:8,2:10:99:42,0,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/0:3,4:7:99:123,0,87
1A	15516887	S1A_15516887	C	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=14382;AC=415;AN=7270;F_MISSING=0.199868;NS=3635;MAF=0.0570839;AC_Het=165;DPsum=14382	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:1,1:2:99:30,0,30	1/0:1,3:4:99:96,0,24	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:4,2:6:99:54,0,126	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/1:3,1:4:99:24,0,96	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:1,1:2:99:30,0,30	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:8,2:10:99:42,0,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,4:7:99:123,0,87
1A	15686346	S1A_15686346	G	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=20251;AC=788;AN=7596;F_MISSING=0.163989;NS=3798;MAF=0.103739;AC_Het=58;DPsum=20251	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,9:9:99:255,27,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144
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1A	20158773	S1A_20158773	C	T	.	PASS	QualityScore=0;DP=28356;AC=2333;AN=8198;F_MISSING=0.0977328;NS=4099;MAF=0.284582;AC_Het=227;DPsum=28356	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,16:16:99:255,48,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:13,0:13:99:0,39,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/1:6,4:10:99:114,0,186	1/1:0,14:14:99:255,42,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/0:3,11:14:99:255,0,66	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,17:17:99:255,51,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,12:12:99:255,36,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,11:11:99:255,33,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:15,0:15:99:0,45,255	1/1:0,19:19:99:255,57,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/1:7,7:14:99:210,0,210	1/1:0,15:15:99:255,45,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:18,0:18:99:0,54,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:6,6:12:99:180,0,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:9,6:15:99:171,0,255	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:19,0:19:99:0,57,255	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:13,0:13:99:0,39,255	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/1:9,7:16:99:204,0,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:18,0:18:99:0,54,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:1,12:13:67:255,4,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,5:7:99:159,0,51	0/1:4,3:7:99:87,0,123	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:11,0:11:99:0,33,255	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:11,0:11:99:0,33,255	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/0:3,5:8:99:156,0,84	0/1:7,6:13:99:177,0,213	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:15,0:15:99:0,45,255	1/1:0,10:10:99:255,30,0	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/1:5,4:9:99:117,0,153	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,14:14:99:255,42,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72
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1A	20889121	S1A_20889121	C	T	.	PASS	QualityScore=0;DP=21036;AC=757;AN=7618;F_MISSING=0.161567;NS=3809;MAF=0.0993699;AC_Het=253;DPsum=21036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:99:30,0,30	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/0:2,6:8:99:192,0,48	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:6,3:9:99:81,0,189	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:1,6:7:96:195,0,15	1/1:1,10:11:66:255,0,3	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:2,12:14:99:255,0,30	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,11:11:99:255,33,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,9:9:99:255,27,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:1,12:13:67:255,4,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:5,8:13:99:249,0,141	./.:0,0:0:.:.	1/1:2,28:30:98:255,18,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:4,7:11:99:219,0,111	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:6,5:11:99:147,0,183	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:2,14:16:99:255,0,24	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:1,10:11:66:255,0,3	0/1:1,1:2:99:30,0,30	1/1:1,22:23:99:255,33,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/0:3,11:14:99:255,0,66	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,1:15:89:0,9,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:3,2:5:99:57,0,93	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,8:12:99:252,0,108
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1A	23833015	S1A_23833015	G	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=38347;AC=631;AN=7806;F_MISSING=0.140876;NS=3903;MAF=0.0808353;AC_Het=485;DPsum=38347	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	1/0:2,2:4:99:60,0,60	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,10:14:99:255,0,102	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:1,7:8:93:228,0,12	./.:0,0:0:.:.	1/0:6,6:12:99:180,0,180	1/0:7,7:14:99:210,0,210	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,8:11:99:255,0,75	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	0/1:4,1:5:99:21,0,129	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:2,5:7:99:159,0,51	0/1:10,9:19:99:255,0,255	0/1:5,1:6:98:18,0,162	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,5:6:98:162,0,18	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:6,2:8:99:48,0,192	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/0:3,6:9:99:189,0,81	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/0:3,9:12:99:255,0,72	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:5,5:10:99:150,0,150	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:7,9:16:99:255,0,204	1/0:2,2:4:99:60,0,60	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,11:14:99:255,0,66	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:1,10:11:66:255,0,3	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/0:6,6:12:99:180,0,180	1/1:1,6:7:96:195,0,15	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/0:3,9:12:99:255,0,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:4,25:29:99:255,0,57	1/0:3,10:13:99:255,0,69	1/0:6,8:14:99:246,0,174	0/1:4,2:6:99:54,0,126	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:1,14:15:89:255,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72
1A	23833023	S1A_23833023	C	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=38347;AC=629;AN=7806;F_MISSING=0.140876;NS=3903;MAF=0.080579;AC_Het=483;DPsum=38347	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/1:2,2:4:99:60,0,60	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,10:14:99:255,0,102	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:1,7:8:93:228,0,12	./.:0,0:0:.:.	0/1:6,6:12:99:180,0,180	0/1:7,7:14:99:210,0,210	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,8:11:99:255,0,75	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	0/1:4,1:5:99:21,0,129	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:2,5:7:99:159,0,51	0/1:10,9:19:99:255,0,255	0/1:5,1:6:98:18,0,162	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,5:6:98:162,0,18	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:6,2:8:99:48,0,192	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/0:3,6:9:99:189,0,81	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/0:3,9:12:99:255,0,72	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/1:5,5:10:99:150,0,150	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:7,9:16:99:255,0,204	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,11:14:99:255,0,66	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:1,10:11:66:255,0,3	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/1:6,6:12:99:180,0,180	1/1:1,6:7:96:195,0,15	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/0:3,9:12:99:255,0,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:4,25:29:99:255,0,57	1/0:3,10:13:99:255,0,69	1/0:6,8:14:99:246,0,174	0/1:4,2:6:99:54,0,126	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:1,14:15:89:255,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72
1A	23833057	S1A_23833057	A	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=38347;AC=629;AN=7806;F_MISSING=0.140876;NS=3903;MAF=0.080579;AC_Het=483;DPsum=38347	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/1:2,2:4:99:60,0,60	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,10:14:99:255,0,102	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:1,7:8:93:228,0,12	./.:0,0:0:.:.	0/1:6,6:12:99:180,0,180	0/1:7,7:14:99:210,0,210	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,8:11:99:255,0,75	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	0/1:4,1:5:99:21,0,129	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:2,5:7:99:159,0,51	0/1:10,9:19:99:255,0,255	0/1:5,1:6:98:18,0,162	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,5:6:98:162,0,18	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:6,2:8:99:48,0,192	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/0:3,6:9:99:189,0,81	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/0:3,9:12:99:255,0,72	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/1:5,5:10:99:150,0,150	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:7,9:16:99:255,0,204	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:3,11:14:99:255,0,66	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:1,10:11:66:255,0,3	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/1:6,6:12:99:180,0,180	1/1:1,6:7:96:195,0,15	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/0:3,9:12:99:255,0,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:4,25:29:99:255,0,57	1/0:3,10:13:99:255,0,69	1/0:6,8:14:99:246,0,174	0/1:4,2:6:99:54,0,126	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:1,14:15:89:255,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72
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1B	1875362	S1B_1875362	C	T	.	PASS	QualityScore=0;DP=17095;AC=560;AN=7284;F_MISSING=0.198327;NS=3642;MAF=0.0768808;AC_Het=358;DPsum=17095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:5,13:18:99:255,0,126	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:17,12:29:99:255,0,255	0/1:5,4:9:99:117,0,153	0/1:11,3:14:99:66,0,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/0:5,9:14:99:255,0,138	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:15,1:16:94:0,12,255	0/1:9,3:12:99:72,0,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:5,5:10:99:150,0,150	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:9,1:10:79:6,0,255	0/1:11,2:13:99:33,0,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:12,11:23:99:255,0,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:1,7:8:93:228,0,12	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/1:5,5:10:99:150,0,150	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:6,3:9:99:81,0,189	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:4,5:9:99:153,0,117	./.:0,0:0:.:.	1/0:13,35:48:99:255,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:23,0:23:99:0,69,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/1:2,2:4:99:60,0,60	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/0:18,2:20:93:12,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:4,1:5:99:21,0,129	1/0:2,7:9:99:225,0,45	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:5,4:9:99:117,0,153	1/0:11,12:23:99:255,0,255	0/1:6,4:10:99:114,0,186	0/1:13,3:16:99:60,0,255	1/0:6,13:19:99:255,0,159	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/1:7,3:10:99:78,0,222	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/1:7,3:10:99:78,0,222	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,1:8:93:12,0,228	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,1:15:89:0,9,255	0/0:6,1:7:96:15,0,195	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,2:3:99:63,0,27	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/1:4,3:7:99:87,0,123	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,3:4:99:96,0,24	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:1,8:9:88:255,0,9	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/1:5,3:8:99:84,0,156	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:28,0:28:99:0,84,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216
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1B	3658027	S1B_3658027	C	T	.	PASS	QualityScore=0;DP=43037;AC=3970;AN=8082;F_MISSING=0.1105;NS=4041;MAF=0.491215;AC_Het=308;DPsum=43037	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,12:12:99:255,36,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,19:19:99:255,57,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	1/1:0,12:12:99:255,36,0	1/1:0,26:26:99:255,78,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,11:11:99:255,33,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,16:16:99:255,48,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,15:15:99:255,45,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,34:34:99:255,102,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,18:18:99:255,54,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,10:10:99:255,30,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:1,21:22:99:255,30,0	1/1:0,17:17:99:255,51,0	1/1:0,16:16:99:255,48,0	1/1:0,21:21:99:255,63,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,24:24:99:255,72,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,30:30:99:255,90,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:23,0:23:99:0,69,255	1/0:10,11:21:99:255,0,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:16,0:16:99:0,48,255	1/1:0,29:29:99:255,87,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:35,0:35:99:0,105,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:16,0:16:99:0,48,255	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:22,0:22:99:0,66,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,22:22:99:255,66,0	0/0:19,0:19:99:0,57,255	1/1:0,18:18:99:255,54,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,21:21:99:255,63,0	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,14:14:99:255,42,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,3:5:99:93,0,57	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:16,0:16:99:0,48,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,11:11:99:255,33,0	0/0:18,0:18:99:0,54,255	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/1:4,1:5:99:21,0,129	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/0:4,11:15:99:255,0,99	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	1/1:0,8:8:99:255,24,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:27,0:27:99:0,81,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,1:8:93:12,0,228	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:14,0:14:99:0,42,255	1/1:0,15:15:99:255,45,0	0/0:11,0:11:99:0,33,255	1/1:0,10:10:99:255,30,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	1/1:0,15:15:99:255,45,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/1:10,3:13:99:69,0,255	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,32:32:99:255,96,0	1/1:0,11:11:99:255,33,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	1/1:0,18:18:99:255,54,0	1/1:0,20:20:99:255,60,0	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:0,27:27:99:255,81,0
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1B	16918972	S1B_16918972	A	G	.	PASS	QualityScore=0;DP=22624;AC=1176;AN=8162;F_MISSING=0.101695;NS=4081;MAF=0.144082;AC_Het=960;DPsum=22624	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:11,1:12:50:0,0,255	1/0:3,6:9:99:189,0,81	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,1:9:88:9,0,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,3:5:99:93,0,57	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/1:10,3:13:99:69,0,255	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,1:12:50:0,0,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:4,1:5:99:21,0,129	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:6,2:8:99:48,0,192	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,7:7:99:252,21,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:9,2:11:99:39,0,255	1/0:2,3:5:99:93,0,57	1/0:3,10:13:99:255,0,69	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,2:14:99:30,0,255	0/1:21,4:25:99:69,0,255	1/0:2,6:8:99:192,0,48	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/1:9,3:12:99:72,0,255	0/1:3,1:4:99:24,0,96	1/1:2,12:14:99:255,0,30	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:6,5:11:99:147,0,183	0/1:7,4:11:99:111,0,219	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:4,4:8:99:120,0,120	1/0:1,3:4:99:96,0,24	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:2,2:4:99:60,0,60	0/1:3,1:4:99:24,0,96	1/0:3,5:8:99:156,0,84	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:12,3:15:99:63,0,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/1:8,4:12:99:108,0,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:2,7:9:99:225,0,45	0/1:10,7:17:99:201,0,255	0/1:4,1:5:99:21,0,129	0/1:4,1:5:99:21,0,129	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/1:7,4:11:99:111,0,219	0/1:7,2:9:99:45,0,225	./.:0,0:0:.:.	1/1:1,12:13:67:255,4,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:7,2:9:99:45,0,225	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:8,5:13:99:141,0,249	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/0:6,1:7:96:15,0,195	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:2,6:8:99:192,0,48	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/1:7,5:12:99:144,0,216	0/1:2,2:4:99:60,0,60	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/0:1,4:5:99:129,0,21	./.:0,0:0:.:.	0/1:1,1:2:99:30,0,30	0/1:5,5:10:99:150,0,150	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,7:9:99:225,0,45	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:11,7:18:99:198,0,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/1:1,1:2:99:30,0,30	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/1:3,1:4:99:24,0,96	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:1,1:2:99:30,0,30	0/1:4,1:5:99:21,0,129	./.:0,0:0:.:.	0/1:5,3:8:99:84,0,156	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:1,1:2:99:30,0,30	1/0:4,5:9:99:153,0,117	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255
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1B	17145833	S1B_17145833	G	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=59510;AC=666;AN=8296;F_MISSING=0.0869469;NS=4148;MAF=0.0802797;AC_Het=638;DPsum=59510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:27,0:27:99:0,81,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:40,0:40:99:0,120,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/1:8,3:11:99:75,0,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,0:14:99:0,42,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:5,2:7:99:51,0,159	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,3:5:99:93,0,57	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:4,1:5:99:21,0,129	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:23,0:23:99:0,69,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:51,0:51:99:0,153,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:22,1:23:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:28,0:28:99:0,84,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:40,0:40:99:0,120,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:26,0:26:99:0,78,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:19,1:20:99:0,24,255	0/0:12,1:13:67:0,4,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:16,4:20:99:84,0,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:30,0:30:99:0,90,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:34,0:34:99:0,102,255	0/1:10,4:14:99:102,0,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:28,0:28:99:0,84,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:7,3:10:99:78,0,222	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:29,0:29:99:0,87,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:15,2:17:99:21,0,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255
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1B	18677149	S1B_18677149	C	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=40136;AC=1836;AN=8328;F_MISSING=0.0834251;NS=4164;MAF=0.220461;AC_Het=198;DPsum=40136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:23,0:23:99:0,69,255	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:27,0:27:99:0,81,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:23,0:23:99:0,69,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:28,0:28:99:0,84,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,16:16:99:255,48,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:19,0:19:99:0,57,255	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:44,0:44:99:0,132,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,9:9:99:255,27,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,18:18:99:255,54,0	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:32,0:32:99:0,96,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:26,0:26:99:0,78,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	1/1:0,19:19:99:255,57,0	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:26,0:26:99:0,78,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,12:12:99:255,36,0	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:32,0:32:99:0,96,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,13:13:99:255,39,0	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:3,7:10:99:222,0,78	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:21,0:21:99:0,63,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:26,0:26:99:0,78,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:20,0:20:99:0,60,255	1/1:0,16:16:99:255,48,0	0/0:22,0:22:99:0,66,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:13,0:13:99:0,39,255	1/1:0,9:9:99:255,27,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/1:0,16:16:99:255,48,0	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,10:10:99:255,30,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:24,0:24:99:0,72,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:25,0:25:99:0,75,255	0/0:17,0:17:99:0,51,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:20,0:20:99:0,60,255	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:24,0:24:99:0,72,255
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1B	146202945	S1B_146202945	T	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=16327;AC=406;AN=7294;F_MISSING=0.197227;NS=3647;MAF=0.0556622;AC_Het=266;DPsum=16327	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:4,1:5:99:21,0,129	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:5,2:7:99:51,0,159	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/0:2,2:4:99:60,0,60	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:3,1:4:99:24,0,96	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,4:6:99:126,0,54	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252
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1B	333781985	S1B_333781985	G	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=23776;AC=2325;AN=7290;F_MISSING=0.197667;NS=3645;MAF=0.31893;AC_Het=129;DPsum=23776	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,7:7:99:252,21,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:17,0:17:99:0,51,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:1,1:2:99:30,0,30	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,14:14:99:255,42,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,8:8:99:255,24,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:14,0:14:99:0,42,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/1:5,1:6:98:18,0,162	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/1:4,3:7:99:87,0,123	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:0,15:15:99:255,45,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108
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1B	436209059	S1B_436209059	G	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=14540;AC=548;AN=7400;F_MISSING=0.18556;NS=3700;MAF=0.0740541;AC_Het=390;DPsum=14540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/1:4,1:5:99:21,0,129	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:1,1:2:99:30,0,30	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:3,3:6:99:90,0,90	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:1,1:2:99:30,0,30	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/1:11,10:21:99:255,0,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:16,2:18:98:18,0,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:7,2:9:99:45,0,225	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	1/0:3,4:7:99:123,0,87	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,1:8:93:12,0,228	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:7,0:7:99:0,21,252
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1B	615751498	S1B_615751498	G	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=33320;AC=645;AN=7818;F_MISSING=0.139555;NS=3909;MAF=0.0825019;AC_Het=449;DPsum=33320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,0:16:99:0,48,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:2,2:4:99:60,0,60	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:12,11:23:99:255,0,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:5,3:8:99:84,0,156	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,4:8:99:120,0,120	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/1:9,5:14:99:138,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:3,25:28:99:255,0,23	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:2,7:9:99:225,0,45	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:6,6:12:99:180,0,180	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:12,19:31:99:255,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/1:8,6:14:99:174,0,246	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/0:2,2:4:99:60,0,60	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/0:2,2:4:99:60,0,60	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:1,7:8:93:228,0,12	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,10:12:99:255,0,36	1/0:3,8:11:99:255,0,75	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:2,12:14:99:255,0,30	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/0:10,11:21:99:255,0,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:6,8:14:99:246,0,174	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:3,9:12:99:255,0,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108
1B	615751504	S1B_615751504	T	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=33320;AC=1198;AN=7818;F_MISSING=0.139555;NS=3909;MAF=0.153236;AC_Het=488;DPsum=33320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,0:16:99:0,48,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:2,2:4:99:60,0,60	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:12,11:23:99:255,0,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,8:8:99:255,24,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:2,1:3:99:27,0,63	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/0:4,4:8:99:120,0,120	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/1:9,5:14:99:138,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:3,25:28:99:255,0,23	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:2,7:9:99:225,0,45	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:6,6:12:99:180,0,180	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,4:4:94:144,12,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:12,19:31:99:255,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:1,2:3:99:63,0,27	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/1:8,6:14:99:174,0,246	1/1:0,7:7:99:252,21,0	1/0:2,2:4:99:60,0,60	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,6:6:98:216,18,0	1/0:2,2:4:99:60,0,60	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,9:9:99:255,27,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/0:1,2:3:99:63,0,27	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:1,7:8:93:228,0,12	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,10:12:99:255,0,36	1/0:3,8:11:99:255,0,75	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:2,12:14:99:255,0,30	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/1:1,9:10:79:255,0,6	1/0:10,11:21:99:255,0,255	1/0:2,4:6:99:126,0,54	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:6,8:14:99:246,0,174	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/0:3,9:12:99:255,0,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:1,3:4:99:96,0,24	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108
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1B	641200281	S1B_641200281	T	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=21534;AC=1151;AN=7486;F_MISSING=0.176095;NS=3743;MAF=0.153754;AC_Het=113;DPsum=21534	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:15,0:15:99:0,45,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,0:16:99:0,48,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:14,0:14:99:0,42,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:17,0:17:99:0,51,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:18,0:18:99:0,54,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	1/1:0,6:6:98:216,18,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:13,0:13:99:0,39,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216
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1D	2091964	S1D_2091964	A	C	.	PASS	QualityScore=0;DP=19167;AC=490;AN=7556;F_MISSING=0.168391;NS=3778;MAF=0.0648491;AC_Het=370;DPsum=19167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:99:54,0,126	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/0:7,10:17:99:255,0,201	0/0:17,0:17:99:0,51,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:12,5:17:99:129,0,255	0/1:5,4:9:99:117,0,153	1/0:3,14:17:99:255,0,57	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/1:5,5:10:99:150,0,150	0/1:5,4:9:99:117,0,153	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/0:7,17:24:99:255,0,180	0/1:13,9:22:99:255,0,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:4,9:13:99:255,0,105	0/1:9,5:14:99:138,0,255	0/1:8,7:15:99:207,0,243	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	1/0:9,24:33:99:255,0,225	1/0:2,7:9:99:225,0,45	1/0:2,6:8:99:192,0,48	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:3,3:6:99:90,0,90	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:20,0:20:99:0,60,255	0/1:18,4:22:99:78,0,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:19,0:19:99:0,57,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	1/0:2,9:11:99:255,0,39	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/1:7,5:12:99:144,0,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:15,15:30:99:255,0,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/1:21,12:33:99:255,0,255	0/1:4,3:7:99:87,0,123	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/1:7,2:9:99:45,0,225	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:7,3:10:99:78,0,222	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/1:7,4:11:99:111,0,219	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:9,0:9:99:0,27,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:5,5:10:99:150,0,150	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:12,10:22:99:255,0,255	0/1:11,9:20:99:255,0,255	0/1:4,3:7:99:87,0,123	1/0:1,5:6:98:162,0,18	1/0:4,11:15:99:255,0,99	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/0:3,6:9:99:189,0,81	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/1:5,2:7:99:51,0,159	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:8,0:8:99:0,24,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:11,0:11:99:0,33,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,2:14:99:30,0,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:3,0:3:88:0,9,108	1/0:5,7:12:99:216,0,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/1:9,5:14:99:138,0,255
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1D	11417026	S1D_11417026	C	T	.	PASS	QualityScore=0;DP=53199;AC=1081;AN=7352;F_MISSING=0.190843;NS=3676;MAF=0.147035;AC_Het=355;DPsum=53199	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/1:3,3:6:99:90,0,90	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,2:14:99:30,0,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,1:17:97:0,15,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:8,0:8:99:0,24,255	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:12,1:13:67:0,4,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/1:5,3:8:99:84,0,156	0/1:7,4:11:99:111,0,219	0/1:5,1:6:98:18,0,162	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/1:12,3:15:99:63,0,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:6,1:7:96:15,0,195	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,1:7:96:15,0,195	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/1:19,4:23:99:75,0,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,5:5:96:180,15,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:35,0:35:99:0,105,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:34,0:34:99:0,102,255	0/1:19,7:26:99:174,0,255	0/0:12,2:14:99:30,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,3:3:88:108,9,0	1/1:0,2:2:79:72,6,0	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/1:1,1:2:99:30,0,30	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/1:12,3:15:99:63,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:9,3:12:99:72,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,1:7:96:15,0,195	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	0/0:14,2:16:99:24,0,255	0/0:22,3:25:99:33,0,255	0/0:8,0:8:99:0,24,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,4:4:94:144,12,0	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/1:14,8:22:99:222,0,255	0/1:15,3:18:99:53,0,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	0/0:12,0:12:99:0,36,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:16,0:16:99:0,48,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:38,0:38:99:0,114,255	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/1:17,4:21:99:81,0,255	0/0:16,0:16:99:0,48,255	0/1:11,2:13:99:33,0,255	0/1:2,1:3:99:27,0,63	0/0:22,0:22:99:0,66,255	1/1:0,1:1:66:36,3,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:14,0:14:99:0,42,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	1/1:0,2:2:79:72,6,0	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/1:13,3:16:99:60,0,255	0/0:9,1:10:79:6,0,255	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:34,0:34:99:0,102,255	0/0:39,4:43:96:15,0,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:20,0:20:99:0,60,255	./.:0,0:0:.:.	0/0:13,0:13:99:0,39,255	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:15,0:15:99:0,45,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,5:5:96:180,15,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:23,0:23:99:0,69,255	0/0:10,0:10:99:0,30,255	0/1:4,1:5:99:21,0,129	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,1:8:93:12,0,228	0/0:10,0:10:99:0,30,255	./.:0,0:0:.:.	0/1:1,1:2:99:30,0,30	0/0:10,1:11:66:3,0,255	0/1:6,2:8:99:48,0,192	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:9,1:10:79:6,0,255
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1D	15415712	S1D_15415712	C	A	.	PASS	QualityScore=0;DP=18149;AC=631;AN=7392;F_MISSING=0.186441;NS=3696;MAF=0.0853626;AC_Het=321;DPsum=18149	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,2:2:79:72,6,0	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	1/0:2,5:7:99:159,0,51	1/1:1,7:8:93:228,0,12	0/1:3,2:5:99:57,0,93	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/1:0,3:3:88:108,9,0	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:7,0:7:99:0,21,252	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	1/0:2,9:11:99:255,0,39	./.:0,0:0:.:.	1/0:1,4:5:99:129,0,21	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:12,0:12:99:0,36,255	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:5,0:5:96:0,15,180	./.:0,0:0:.:.	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:11,0:11:99:0,33,255	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:9,0:9:99:0,27,255	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:2,0:2:79:0,6,72	./.:0,0:0:.:.	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:1,0:1:66:0,3,36	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:1,0:1:66:0,3,36	./.:0,0:0:.:.	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:7,0:7:99:0,21,252	./.:0,0:0:.:.	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:5,0:5:96:0,15,180	0/0:6,0:6:98:0,18,216	0/0:4,0:4:94:0,12,144	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:3,0:3:88:0,9,108	0/0:6,0:6:98:0,18,216	./.:0,0:0:.:.	0/0:2,0:2:79:0,6,72	0/0:4,0:4:94:0,12,144
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